结核病流行病学研究团队是公共卫生安全教育部重点实验室重大传染病研究方向的核心组成。在长期的研究中始终以国家和地方结核病防控需求为导向，逐渐形成了结核病卫生服务质量和公平性研究、结核病传播模式的分子生物学研究、耐多药结核病的发生及发展机制研究、结核病人群易感性研究和控制理论模型、结核病患者长期预后与生存质量等研究方向。
研究团队先后主持完成了国家“十一五”、“十二五”、“十三五”重大传染病专项子项目、美国国立卫生研究院（NIH）R01项目、中瑞合作国家自然科学国际合作基金、国家自然科学基金面上项目和青年项目12项；同时主持和完成了世界卫生组织（WHO/TDR）、瑞典国际发展署、全球基金中国项目和英国国际发展署等支持的多项有关结核病控制策略研究；领衔完成了世界银行/英国国际发展署支持的中国结核病控制项目（卫十项目）的外部评估。围绕研究方向，在上述课题的支持下，研究组结合运用流行病学、分子生物学、微生物学、社会医学、卫生经济学和卫生体系研究等多学科研究方法，开展了大量结核病病原学、流行病学和控制策略研究。运用定量调查和定性研究对农村地区的结核病尤其是耐药结核病卫生服务可及性和公平性进行了评价；运用微生物学研究观察结核分枝杆菌耐药谱及其纵向变化，并探讨其危险因素；运用分子联合分型方法和测序技术研究结核病流行和传播模式。在上述研究的基础之上，致力于建立更大范围和时间跨度的农村流动人口的结核分枝杆菌基因型数据库，建立结核病患者治疗人群队列和耐药监测队列，促进和完善国际结核病基因型数据库，并在全球结核病控制研究中发挥重要作用。
研究的主要发现包括：
(1) 首次提出农村地区内源性复燃仍是中国结核病发生的主要方式，散发的随机传播是中国农村结核病尤其是耐药结核病传播的主要的模式。(2) 证实北京株及其优势亚组对于中国耐药结核病流行传播的重要作用。北京家族中山东簇分离株更加容易成簇, 修复基因多态性变化以及IS6110插入数量可能与北京株及山东簇发生耐药基因型变化、获得耐药表型有关。(3) 首次清楚阐述了BCG接种与北京家族菌株传播的关系。北京家族分枝杆菌与近期传播存在密切的联系，BCG接种可能促进了细菌进化的机制从而导致增加在这个人群中这个家族菌株传播的概率。(4) 首次提出获得性耐药是耐氟喹诺酮类分枝杆菌的主要来源。耐氟喹诺酮类药物的结核分枝杆菌已经在农村地区出现并扩散，但耐氟喹诺酮类药物的结核分枝杆菌相对较低的成簇比例提示该类细菌的传播更多地是由于氟喹诺酮类药物的广泛使用而导致的获得性耐药。提示应加强二线药物临床用药的管理。
在科学研究的基础上，研究团队还致力于结核病相关政策的评价、传播、实施及转化。2010年以来，先后对医务人员推荐转诊策略、贫困结核病人交通补偿政策、三位一体新型结核病防治策略、耐药结核病发现诊疗策略、难治性结核病发现策略、社会综合保障策略对避免结核病灾难性支出作用等结核病防治策略进行了综合评价，团队撰写并提交给相关部门至少五篇政策简报，为进一步完善结核病防治策略，改善结核病患者卫生服务公平性提供了政策依据。从研究到政策是研究结果有效传播的途径，为了加强研究结果的转化和利用，扩大研究团队在国内外的影响力，一方面团队积极在国际会议上传播研究成果，另一方面团队积极组织召开国际会议，提高团队的学术影响力。研究团队先后组织召开了五次国际会议，其中2014年“中国农村地区传染病症状监测系统开发与利用国际研讨会”（ISSC项目传播大会）和2015年的“耐多药结核病控制前沿和创新发展国际研讨会”邀请了来自瑞典、德国、香港、英国以及中国等结核病控制、传染病防控领域的顶级专家参加了会议。
2010年以来，研究团队主持的“以患者为中心的耐多药结核病防治技术与策略研究”获得了上海市科技进步三等奖（2018），“耐药结核病人群传播机制及控制策略研究”获得上海市医学科技进步二等奖（2012），“弱势人群结核病密切接触传播和死亡的风险及控制策略研究”获得上海市医学科技奖三等奖（2014）。团队负责人徐飚教授被中华医学会结核病学分会评为“新中国成立70载结核病防治时代先锋”。结核病流行病学研究团队现有6名成员，其中教授博导2人，副教授2人，实验员2人。团队成员拥有CMB杰出教授1名、上海市五一劳动奖章和上海市五一巾帼奖各1人次。团队培养出上海市优秀毕业生2名。胡屹入选2015年复旦大学“卓学计划”。
团队负责人：
徐飚，教授，博士生导师，复旦大学公共卫生学院结核病研究中心主任。瑞典卡罗林斯卡大学客座教授。主要从事结核病卫生服务公平性和耐药结核病流行病学及控制研究，率先在中国结核病控制领域利用流行病学方法和公平性理论，探讨影响我国人群结核病发现率的因素，分析中国医疗体系改革对结核病控制的影响，提出了改善我国农村贫困人群结核病医疗服务公平性的策略建议。徐飚教授和她的研究团队还针对耐药结核病流行和传播模式开展了一系列分子流行病学和社会流行病学研究，其研究结果具有重要的政策、科学和社会价值。先后主持了国家自然科学基金面上项目和国际合作项目、美国国立卫生研究院(NIH)、瑞典国际发展署(SIDA)、欧盟第七轮框架（EC-FP7）和国家重大传染病防治专项子项目等十余项研究，在国际专业期刊以第一作者和通信作者发表专业论文百余篇，其中结核病相关研究论文近80篇。目前，徐飚教授及其团队正致力于从“研究到政策，从政策到实施”的过程研究，重点关注耐药结核病的医疗服务质量和防治效果，就结核病控制实现联合国可持续发展目标的策略开展研究。徐飚教授还先后主编了研究生教材《流行病学原理》和《流行病学基础》，参编了人民卫生出版社第四~八版《流行病学》本科生教材，并培养了包括非洲留学生在内的50余名硕士、博士研究生。徐飚教授为生部疾病预防控制专家委员会委员，中国防痨协会常务理事、中国防痨协会结核病控制分会和老年结核病分会副主任委员，和上海市防痨协会副理事长，并先后被WHO、中国结核病预防和控制中心、英国国家发展署(DFID)和盖茨基金会等聘为项目国家级专家。2009-2011年担任WHO的结核病、麻风病和布路里溃疡专家委员会委员，其主持的结核病流行病学研究先后获得了上海市科技进步3等奖两项，中华预防医学科学技术2等奖和上海市医学科技2等奖；因其在科学研究和医学教学中的突出贡献，还获得了第一届美国中华医学基金(CMB)“杰出教授奖”，美国洛克菲勒基金会政策研究会员，上海市五一劳动奖章和上海市五一巾帼奖，2019年获中华医学会结核病学分会“新中国成立70载结核病防治时代先锋”称号。
团队成员：
王伟炳，教授，博士生导师，流行病学教研室主任。主要从事结核病传播模式的分子生物学及传播模型研究。担任上海市预防医学会流行病学分会主委、中华医学会公共卫生学分会现场流行病学组副组长、深圳医学科学院国际疫苗与健康研究协作平台咨询委员会副主任、全国学校结核病防控专家组专家、中国防痨协会老年分会常务委员、国家预防接种异常反应补偿保险工作专家指导组成员、上海市疫苗不良反应专家组专家等。现为多家国内外杂志的审稿专家，为Journal of Clinical Tuberculosis and Other Mycobacterial Diseases、《中华胸科杂志电子版》、《复旦学报（医学版）》的编委。主讲临床硕士研究生“计算机在临床科研中的应用”、预防医学和临床本科生“流行病学”理论课。参与讲授硕士研究生专业基础“流行病学原理与方法”。承担项目包括比尔盖茨基金会两项、世界卫生组织项目、瑞典国家科学院、科技部重大专项2子项、国家自然基金3项。曾在美国加州大学洛杉矶分校、美国公共卫生研究中心等机构访问，在美国乔治城大学完成博士后研究。在Lancet Global Health，ERJ，WHO Bulletin等发表SCI论文90余篇。曾获得上海市科技进步奖、上海市医学科技进步、壹基金新冠防控特等奖、复旦大学钟杨式教学团队等。获得2014年上海市医学科技进步三等奖（排名第一）、2012年上海市医学科技进步二等奖（排名第二）、2009年中华预防医学二等奖（排名第二）、2008年上海市科技进步三等奖（排名第三）。
胡屹，博士，副教授，硕士生导师。入选2015年复旦大学“卓学人才”计划。主要从事结核病组学流行病学和群体药理学研究。担任中国防痨协会第十一届结核病感染控制专业分会委员、中国防痨协会第十一届青年理事会委员和上海市医学会结核病学专科分会第三届委员会青年委员会委员。主持承担项目包括国家自然科学基金面上、青年项目3项、WHO/TDR实施性课题1项、瑞典科学研究院项目1项，并主要参与中瑞国际合作研究项目和“十一五”、“十二五”、“十三五”国家传染病重大专项等课题项目8项。在European Respiratory Journal, Clinical Infectious Disease, Clinical Microbiology and Infection等发表中文核心期刊和SCI论文70余篇。 获得2018年上海市医学科技奖三等奖（第二完成人） 、2014年上海市医学科技奖三等奖（第三完成人），2012年上海医学科技奖二等奖（第三完成人），2009年中华预防医学会科技奖二等奖（第三完成人）和2008年上海科技奖三等奖（第四完成人）。
赵琦，博士，副教授，硕士生导师，主要研究方向为脆弱人群健康风险评估与卫生服务公平性研究，重点关注队列人群发病风险评估与预测模型、脆弱人群健康管理与卫生服务利用等内容，围绕细胞免疫在结核病患者共患慢性疾病、早期炎性因子水平对治疗结束结核病患者健康状况及生存质量、结核病患者社会保障机制、结核病相关卫生政策评价等开展大量研究。先后获得国家自然基金青年基金、全球基金实施性研究项目、中英全球卫生支持项目、WHO实施性研究项目，参与国家重点研发计划、传染病科技部重大专项等。担任中国防痨协会青年理事会副主任委员，中华预防医学会公共卫生分会青年委员、上海市预防医学会卫生应急分会副主任委员，上海市防痨协会委员、上海市松江区疾病预防控制中心学术委员会顾问等。近5年，以第一/共同第一/通讯/共同通讯作者SCI论文22篇。