重大、新发传染病流行病学与预防控制研究是基于复旦大学公共卫生学院70多年参与国家传染病流行病学研究的基础上形成的。实验室成立以来，尤其是在“十二”和“十三五”期间，研究团队紧紧围绕严重危害全球公共卫生安全和我国人民健康的重大、新发传染病，运用传染病流行病学、病原微生物学、群体免疫学、现代统计学、复杂网络、大数据、地理信息学、生态学、卫生经济学等技术开展跨学科交叉研究，系统、深入地阐明其传播动力学、流行病学参数、疾病负担、干预措施和临床管理的评价、病原体感染机制和宿主免疫应答机制，以及疫苗的效力、效果、安全性和卫生经济学评价等，取得了一系列重要的研究成果，以第一/通讯作者（含共同）发表在Science, BMJ, Lancet, Lancet Infectious Diseases, Lancet Public Health， Lancet Child & Adolescent Health，Nature Communications, Nature Human Behaviour等传染病领域国际顶尖学术期刊，有力支撑国家传染病与健康领域的重大决策和战略实施。目前，该研究方向下设有新型冠状病毒肺炎、禽流感、季节性流感、手足口病、艾滋病、结核病、登革热、肺炎链球菌、血吸虫病、病毒性肝炎等研究专题组。现有职工40人，包括教授9人，副教授9人，青年研究员3人，青年副研究员4人，讲师3人，技术人员12人；77.5%的教师在30-50岁。
近年来，随着我国工业化和城市化的快速推进，环境污染事件频发，对生态环境、人民健康及社会安全产生了重大影响。加强环境污染与人群健康的研究，优化环境风险的管控，对于国民经济的正常运行和实施“健康上海2030”具有重要的意义。复旦大学环境与健康学科，自上世纪70年代以来，围绕我国城市在发展过程出现的空气污染、水体污染、化学品安全和食品安全等重要环境问题，逐渐形成了空气污染与健康、饮用水与健康、化学品安全、营养与食品安全这四个特色研究方向：
空气污染与健康研究方向：在传承老一辈科学家的工作基础上，坚持服务于国家环保治理和公共卫生防治的大方向，在空气污染流行病学、暴露科学和毒理学领域开展了一系列在国内外有重要影响的工作，居国内领先地位。近年来，在国家973项目、国家863课题、国家重点研发计划、国家自然科学基金重点项目、国家环境保护公益性行业科研专项、国家卫生和计划生育公益性行业科研专项、上海市环保局科研专项等的连续资助下，开展了全球最大规模的全国272城市多中心流行病学研究，系统地阐释了我国大气污染的健康效应，探索了大气颗粒物不同组分和粒径的健康效应特征，初步构建了大气污染的暴露评价模型，初步探讨了大气污染的健康危害机制和毒理学基础，评估了个体干预手段对大气污染健康防护的作用大小。研究结果对我国修订《环境空气质量标准》、开展本土大气污染健康风险评估和相关防治工作具有重要的意义。
饮用水与健康研究方向：长期致力于饮用水对健康的影响研究，包括：饮用水污染物暴露组特征分析、污染物混合暴露生物学效应研究和饮用水卫生标准和安全评估体系等研究。围绕饮用水污染物谱分析和低剂量混合暴露健康效应，开展了污染物暴露组和混合暴露效应及其评价方法的系列研究。研究中以国家需求为导向，立足国情，坚持现场—实验室—现场实践的转化研究理念，重在实践解决现实问题，形成了将研究成果转化为标准和政策的工作思路。①建立“污染树”溯源技术揭示水污染物暴露特征和演化关系，解决了污染物复杂组分相似性判定难题，探索出水污染物混合暴露健康效应分析新策略；②采用基于毒性通路的污染物联合作用效应研究策略，结合暴露组分析和计算毒理学等技术，建立有效的低剂量混合暴露健康效应的评价方法并推广应用；③构建了基于多效应终点的饮用水安全评价体系，成功用于两项国家生活饮用水卫生标准研制。饮用水安全评价方法，在上海等城市制水企业得以验证并推广应用，为城市水源选择、优先控制污染物的确定和生产工艺的优化提供了有效指导。研究结果为饮用水安全保障提供了重要的技术支撑，对提升我国在饮用水与健康领域的学术水平和影响力作出了重要贡献。
化学品安全研究方向：着重研究农药、重金属、有机溶剂、持久性有机污染物、环境内分泌干扰物、个人护理用品等重点污染物对特殊人群（如职业暴露人群、孕妇、儿童）健康影响的风险、作用机制以及暴露水平的评估，为实施安全管理提供科学依据。近年来，在国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家卫计委行业公益专项、上海市“高峰”计划等项目的基础下，开展了下列工作：①基于人群健康数据分析敏感人群儿童在宫内暴露以及出生后接触相关污染物与生长发育、神经行为等健康指标的关系；②应用动物模型，探索了重点化学物引起健康损害的微观机制；③依托已建立的“上海市亲子队列”，建立了人体生物样本中新现环境污染物痕量监测技术，对敏感人群（孕妇和儿童）的新现环境污染物内暴露水平进行评估，并探索新现环境污染物暴露（或混合暴露）对孕妇心理行为及儿童生长发育的影响。
营养与食品安全研究方向：在既往的科研和教学工作中，逐渐凝练了两大优势特色：① 膳食营养的模式研究和干预研究，利用代谢组学等新手段探索食物与妊娠期糖尿病、糖尿病、肥胖等重点疾病的关系，参与制定了新版的《中国居民膳食指南2016》，并依托该指南制定了中国健康饮食指数，并完善了老年人的膳食平衡指数，获得了包括国家自然科学基金国际合作项目在内的多个基金和项目的支持；② 食品安全的风险评估与政策研究，在该领域，学科凝练了针对重金属、塑化剂邻苯二甲酸酯类物质、抗生素、酚类化合物和全氟类化合物及其家康风险与政策等研究方向，获得了包括国家十三五重大子项目、国家自然科学基金、教育部博士点基金、上海市自然基金、上海市卫生计生委项目、上海市食品药品监督管理局项目等在内的近20项基金的支持。依托上述工作基础和研究特色，目前逐渐建立了包括孕妇、儿童、成人、老年人和重点疾病人群在内的多个特色人群，建立了具备高通量膳食暴露特征的食物消费量数据库和生物样本库，描述了各特色人群的营养特征、食品污染物分布特征，以及和疾病的关系，取得了一系列成果，获得了上海市科技进步奖和上海市科普创新奖多项，在国内外同行和相关研究领域取得了一定的影响力。
营养与食品安全研究团队是复旦大学公共卫生学院成立以来，在参与国家和上海的相关营养与食品安全研究的历史基础上形成的。团队成立以来，紧密结合国内重大的营养问题和严重危害人民健康的食品安全课题开展了系统深入的研究，取得了一系列研究成果，为营养与食品安全研究和经济社会发展做出了贡献。目前，营养与食品安全研究团队在“营养与慢病防控”、“食品安全与人群健康”、“公共营养促进”这三个不同的方向上具有鲜明的研究特点，并均取得了一定的研究成果。营养与食品安全研究团队现有研究人员15人，包括教授7人，副教授4人，讲师2人，博士后2人，研究人员全部具有博士学位。