流感与禽流感研究团队是公共卫生安全教育部重点实验室重大传染病研究方向的核心组成之一。在长期的研究中始终以国家重大传染病防治的需求为导向，逐渐形成了流感流行特征和疾病负担研究，流感疫苗效果评价和成本效果分析研究，流感与禽流感病毒跨宿主传播机制和流感/禽流感病毒变异、进化速率和机制等研究方向。
研究团队先后主持完成了国家自然科学基金青年项目1项，中美新发和再发传染病项目7项；作为主要完成单位参加了863重点项目及上海市攻关项目等2项课题。围绕研究方向，在上述课题的支持下，系统研究了我国东部地区儿童流感的流行规律、季节性变化特点和临床特征等，还从疾病的发病、就诊和住院、死亡等角度来阐述疾病的流行病学负担，从经济学角度评价因流感感染、发病、住院和死亡等所导致的社会经济负担，此外，还运用数学模型地方法，模拟和估计了儿童流感和肺炎等疾病的流行特点和流行规律，揭示了儿童流感的流行是我国城市和农村家庭的重要负担；采用前瞻性队列研究的方法，在国内率先开展以社区为基础的流感疫苗效果的评价，初步了解接种流感疫苗的保护效果；基于现有国际流感病毒基因专库中序列数据，借助于生物信息学大规模搜索与运算，构建了基于进化理论“进化树”分析方法，提出流感pH1N1/禽流感H7N9的进化和来源等问题，以及H7N9禽流感病毒的NA基因缺失或为流感跨宿主传播的重要因素；通过大规模人群血清学调查，证实上海市禽职业接触与普通人群中均存在禽流感病毒H9的既往隐性感染，提示日常生活中接触禽类是普通人群不可忽视的感染途径；利用动物模型研究，初步阐述了禽流感跨宿主传播机制以及流感病例继发肺炎链球菌肺炎的时间易感性及病理效应等。
流感与禽流感研究团队高度重视和积极服务国家和社会，重视研究成果向政策的转变，参与修订了《我国季节性流感疫苗的应用技术指南》和《我国b型流感嗜血杆菌疫苗应用技术指南》。此外，在研究项目的实施和支持下，已在我国华东苏州等地区建成了高校、疾病预防控制中心和医院联合合作的平台，合作三方取长补短，各司其职。在合作的基础上，已协助现场培养了正高职称人员2名，博士研究生1名，硕士研究生3名。苏州市疾病预防控制中心也在儿童流感疾病负担和疫苗评价项目的基础上，成功获得中美EID项目的资助，把研究人群扩展至孕妇等重点人群，在国内首先开展孕妇流感的研究。流感/禽流感研究团队现有名成员，其中教授博导1人，副教授1人，讲师2人。团队培养出4名博士毕业生和8名硕士研究生。
团队负责人：赵根明，教授，博士生导师，主要从事流感流行病学特征与疾病负担研究。赵根明，男，流行病学教授，博士生导师。现任复旦大学公共卫生学院流行病学教研室主任，兼任中华预防医学会流行病学分会常委。主要从事血吸虫病、流感等传染病流行病学和突发公共卫生事件应急机制的研究工作，相关研究成果获教育部、中华医学会和上海市科技进步三等奖。近年来，承担国家自然科学基金委、WHO、美国CDC等资助的研究项目10余项；主持起草《中国突发急性传染病防控战略》；负责 “世行贷款/英国赠款中国结核病控制项目”的外部独立评估工作。发表专业相关研究论著200余篇，其中国际专业期刊论文60余篇。曾获上海市高校优秀青年教师、复旦大学本科教学名师、复旦大学优秀研究生导师和中国流行病学优秀奖等荣誉称号。
团队成员：张涛，博士，副教授，硕士生导师，主要从事流感疫苗效果评价与成本效果分析。张涛博士从事感染性疾病流行病学研究10余年，重点关注流感和肺炎流行病学特征以及疾病负担等，以及流感疫苗和麻疹疫苗接种效果评价、安全性研究和成本效果分析等。曾主持国家自然科学基金青年基金、上海市卫生局青年基金和中美新发和再发传染病合作项目各1项。作为主要完成人参与上海市重点学科、中美新发和再发传染病合作项目多项。目前已发表论文40余篇，其中以第一/共同第一/通讯作者发表论文20篇，包括SCI论文11篇。曾获得第八届国际肺炎链球菌及肺炎链球菌疾病大会（ISPPD8）的Robert Austrian Research Award，并多次获得ISPPD会议的travel grant。
团队成员：蒋露芳，博士，讲师，主要从事流感与禽流感病毒跨宿主传播机制研究。