重大、新发传染病研究是公共卫生安全教育部重点实验室重大传染病研究方向之一。长期以来，团队聚焦严重威胁全球公共卫生安全和我国人民健康的重大、新发传染病，从国家战略和防控需求出发，特异性地围绕改变和完善防控实践来凝练科学问题，逐渐形成了病人驱动的床旁临床和基础研究、传播动力学研究、空间流行病学研究、改变政策驱动的疫苗研究和经典流行病学研究等具体方向。
研究领域主要是针对新型冠状病毒肺炎、禽流感、季节性流感、手足口病、登革热、狂犬病、肺炎链球菌和流感嗜血杆菌病等，运用经典流行病学、传染病学、病原微生物学、免疫学、宿主和病原遗传学、卫生经济学、现代统计学、地理信息学和生态学等多学科交叉技术，研究其传播动力学、流行病学参数、疾病负担、干预措施和临床管理的评价、病原体感染机制和宿主免疫应答机制，以及疫苗的效力、效果、安全性和卫生经济学评价等。
研究团队先后主持完成了国家自然科学基金委“杰出青年基金”、面上项目、国家科技重大专项、科技支撑计划、国家卫生计生委行业专项、上海市科委应急科技攻关项目，以及WHO、美国NIH、美国CDC、英国国家健康研究所、李嘉诚全球卫生基金会等国际机构资助的科研课题。代表性成果包括：
（1）新冠肺炎
开展流行病学模型研究，分阶段确定了新冠肺炎的流行病学特征，揭示了干预措施作用下不同地区疫情动态变化的异质性，并估计了随干预措施实施而变化的新冠肺炎传播动力学参数；证实了新冠肺炎的疾病负担超过2009年甲型H1N1流感大流行，临床严重性堪比1918年西班牙流感大流行；通过构建传播动力学模型，阐明了非药物性干预措施实施后人群接触模式的改变对新冠肺炎传播的影响，并定量测算了生物学因素、行为学因素与非药物性干预措施对新冠病毒传播的相对贡献；提出了全球与我国新冠肺炎疫苗接种项目框架，定量证明了疫苗接种可以大幅度降低新冠肺炎的疾病负担，并研究确定了不同疾病负担风险指标最小化时对应的疫苗时变分配策略；此外，还利用系统文献综述和荟萃分析的方法，评估了进入临床试验阶段新冠疫苗在一般人群中的安全性，并从全球视角研究了不同人群感染SARS-CoV-2的血清阳性率水平的差异，同时定量测算了自然感染和接种疫苗所诱导的血清中和抗体对不同新冠变异株的体外交叉免疫水平。
2）流感、禽流感
研究确定了人感染禽流感H7N9病毒的潜伏期、疾病谱与临床严重性等关键流行病学参数，以及H7N9在亚洲各国传播的相对风险和关闭活禽市场对控制人感染禽流感H7N9病毒暴发、流行的效果，同时利用数学模型，定量估算了人群感染H7N9与H5N1病毒的风险、H7N9人际间传播风险、不同驱动因素对引起H7N9传播的相对贡献、以及不同类型的活禽市场干预措施的有效性差异。
3）肠道病毒感染相关疾病
建立了以医院为基础的儿童手足口病前瞻性研究队列和基于人群的儿童手足口病血清流行病学前瞻性研究队列，阐述了10 岁以下儿童中HFMD的疾病负担、EV-A71和CVA16在研究期间内每次流行季节后的新感染发生率、感染疾病谱、感染发病的危险因素；阐明了EV-A71和CVA16 感染后病毒载量和中和抗体随时间变化规律；科学评估了EV-A71和CVA16间是否存在交叉免疫及其持续时间；评估了单价EV-A71疫苗在人群中应用后的免疫效果；评估了EV-A71和CVA16病例的神经系统和心肺功能等后遗症，为国家制定相关手足口病防控战略和疫苗免疫策略提供了关键决策依据。
4）登革热
系统研究了登革热从东南亚主要流行区输入到我国不同城市的季节性风险及其变化趋势,评估了航空旅行人数和我国登革热输入风险之间的定量关系，深入研究了我国登革热流行高风险地区的时空传播动力学机制，阐明了输入性登革热引起本地暴发及不同规模的驱动因素,为非地方性流行地区的登革热时空传播的风险评估及防控措施的制定提供了科学证据。所建立的方法适用于精确评估蚊媒病毒性传染病在全球其他类似地区传入并导致本地流行的季节性风险。
针对上述研究，团队成员以第一作者或通讯作者（含并列）发表SCI论文137篇，IF合计1,638，其中IF>10为31篇，包括Science 2篇、Lancet 5篇、New England Journal of Medicine 1篇、BMJ 3篇、Lancet Infectious Diseases 6篇、Lancet Global Health 1篇、Lancet Public Health 1篇、PLoS Medicine 4篇、Nature Human Behaviour 1篇、Nature Communications 5篇、Science Advances 1篇、Lancet Child & Adolescent Health 1篇；5<IF<10为50篇。22篇同期配发专家述评，18篇以Fast track发表。Google Scholar总引用25,686次，h-index 65；20篇ESI高被引论文，4篇ESI热点论文。研究团队先后获北京市科技进步一等奖（2015）、二等奖（2016）和三等奖（2014）各一项，中华医学科技二等奖（2016）一项、三等奖（2014、2015）两项；以第三完成人，获中华医学科技三等奖（2013）一项、中华预防医学会科学技术二等奖（2013）一项；以第九完成人，获中华医学科技二等奖（2019）一项、中华预防医学会科学技术一等奖（2019）一项。
研究团队高度重视和积极服务国家和社会。2020年，先后撰写四份新冠肺炎疫情防控建议及新冠疫苗研发进展报告，并提交上海市政府；此外，新冠疫苗优先接种人群及其规模、新冠疫苗接种实现群体免疫路径，以及新冠病毒变异株引入的疾病负担等研究成果第一时间提交上海市政府和中国疾控中心等决策部门，为上海市及我国新冠肺炎疫情防控决策提供参考。团队成员作为国家免疫规划技术工作组流感疫苗工作组成员，连续五年参与制定《中国流感疫苗预防接种技术指南》。举办4期（每期40人左右）疫苗高级研修班，面向全国省/市级疾控人员和医务工作者讲授疫苗研究设计和数据分析的理论，并开展“手把手”实践操作，促进提高基层疫苗流行病学研究能力。在复旦大学公共卫生学院，与伦敦卫生与热带医学院以及香港大学公共卫生学院共同举办一期Infectious Disease Modelling Course（《传染性疾病建模》暑期课程），以及一期《卫生领域的定性研究》暑期培训，面向省级疾控人员、高校和科研院所研究人员讲授传染病建模、卫生经济学评价，以及定性研究技术，助力提升我国传染病科研能力。
研究团队现有6名成员，其中教授1人、副教授1人、青年研究员1人、助理研究员2人、技术员1人。
团队负责人：
余宏杰，博士、教授，博士生导师。余宏杰教授现任公共卫生安全教育部重点实验室（复旦大学）主任，上海市重大传染病和生物安全研究院副院长，兼任全球流感疫苗行动计划顾问组（GAP）成员、WHO免疫策略专家咨询委员会（SAGE）流感疫苗专家组成员。获国家自然基金委“杰出青年基金”资助、教育部“长江学者特聘教授”、中组部“科技创新领军人才”、国务院“政府专家特殊津贴”、国家卫计委“突出贡献中青年专家”、“吴阶平-保罗杨森医学药学奖”、“树兰医学青年奖”、人社部“国家百千万人才工程”、科技部“中青年科技创新领军人才”和上海市科委“上海市优秀学术带头人计划”。入选科睿唯安2020年度全球高被引科学家。
团队成员：
杨娟，博士，副教授，硕士生导师，主要研究重大、新发传染病的疾病负担、流行病学特征以及疫苗等特异性干预措施效果。相关研究结果以第一/通讯作者（含共同）在Lancet Infectious Diseases, Nature Communications, Nature Human Behaviour, Clinical Infectious Diseases, BMC Medicine 和Emerging Infectious Diseases 等国际权威期刊上发表。主持国家传染病重大专项、国家自然科学基金等课题。现为中国疫苗行业协会疫苗学教育专业委员会委员、国家免疫规划技术工作组流感疫苗工作组成员。
张娟娟，博士，青年研究员。主要研究新发传染病的流行病学、传播动力学及干预措施效果等。相关研究以第一作者发表在Science、Lancet Infectious Diseases、Science Advances等国际权威期刊，其中1篇同期配发专家述评，2篇以快速通道形式发表，2篇ESI高被引论文。获复旦大学超级博士后、优秀博士后以及中国博士后科学基金新冠肺炎专项资助（特别资助）。